在2012年9月19日早晨，南师在与儿子南国熙讲完话后，说“我累了，要休息了”，随后入定坐化，此时南师气住脉停，体软身热。弟子们心存希冀，只好宣布入定，不触碰南师，全力护持，为南师祈福诵经。至9月25日七日内，南师体温和头部温度都未大变，身体柔软，体出檀香。9月26日发觉南师体温明显下降，遂宣布成立护持工作小组，并开始准备后事，进行修建荼毗炉等事宜。至29日南师状况再无逆转。9月29日下午，上海中山医院的医生到太湖大学堂审视并确认南师已无生命迹象，开具死亡证明书，认定南师辞世时间为2012年9月29日下午16时26分。之后为南师换衣时，南师身体柔软。

2012年9月30日晚，在南师亲手创办的太湖大学堂，亲友学生们，为南师举行荼毗仪式。月朗风清，睛空无云，群星皆隐。一百余名老学生，无不泪眼相对，庄重而深情地来送别最亲切，最敬爱的老师。当南师的灵柩在一声声“南无本师释迦牟尼佛!”的诵念陪伴下，由亲人护送出来时，所有的人无不泪奔如流，悲抑不已。特别是播音器中传来了南师原声唱的佛号时，音容笑貌，直逼眼前，更是令所有的人涕泪悲泣。在场的每个人都受南师无私大恩，而南师从来没求学生们做什么，除了要学生们更好地成长，更好地证道，更好地利生。

温总理的唁电，数语片言，却是极为崇敬，对南师为弘扬中华民族传统文化的居功甚伟给予了极高的评价。周瑞金老学长一开口：“我们最敬爱最亲切的南老师。”却引来了四周泣声一片。南一鹏学长的致谢，更令人感动：“父亲以天下人为子女，以子女为天下人。”南师的亲人，平时极少有机会见到老师，而老师却把所有的人当成自己的孩子，亲切而慈悲，“夫子，温、良、恭、俭、让。”是也。举火仪式由成都文殊院的宗性大和尚主持。众人颂七遍般若波罗密多心经后，按佛教仪轨，进行荼毗。众人纷纷跪拜，口颂佛号，向火中的南师遗体行礼。此时，天空如洗，明月朗朗，一切圆满如愿。主持人：“南老的一生如今夜之明月如此圆满!南老的愿望是希望所有的人都如此圆满。”又感动了所有的人。

南师荼毗仪式结束后，弟子们经过讨论商议，在否决了就地不开炉建塔的方案后，于2012年10月5日早晨四点打开荼毗炉，看到经过荼毗后，南师的头骨完整，上面缀满各色舍利子;头骨一半呈现黄色，一半呈现蓝色;其余身体化成舍利子无数。尤其舌根呈莲花状，舌头为半透明粉红色，过去曾有此异象的据说只有鸠摩罗什法师。这是说法如雨，舌灿莲花的果报，也证明老师讲的法都是真实的，没有一句虚言。